由于在合成树脂过程中，树脂表面及空隙中混掺有低分子和一些无机杂质(如铜、铁等)、分子单体物质，以及致孔剂等，因此树脂在正式投入运行之前，将这些杂质除去，否则在使用过程中会以各种方式污染树脂。特别应当指出，在含铬废水中，因铬酸是一种氧化剂，如树脂中有铜、铁，便有催化氧化作用，从而加快树脂氧化。
树脂的选择性与选择系数树脂对不同的离子具有不同的亲和能力，对亲和能力强的离子选择，和它结合力强使之不易泄露。但由于结合牢固，再生时，该离子置换下来就很困难。树脂对离子亲和能力的差异，取决于两个方面：一是树脂自身的性能，尤其是自身的交联度。交联度越大，对离子的选择性就越大，其亲和能力就越强。反之，就越弱。二是与溶液中离子的性质、组分和浓度有关。
树脂颗粒内部含有大量的水分，在零度以下温度贮存或运输时，这些水分会结冰，体积膨胀，造成树脂颗粒的崩裂。冻过的树脂在显微镜下可见大量裂缝，使用后短期内就会出现严重的破碎现象。为了防止树脂受冻，应将树脂保存在5-40℃下，避开在冰冻期运输。
阳树脂氧化后发生的现象为：颜色变浅，树脂体积变大，因此易碎和体积交换容量降低，但质量交换容量变化不大。由于设备中树脂上下层与进水接触先后顺序不同，受侵害的程度也不同，当水下流时，上层树脂与含氧化剂的水接触，所以遭受侵害的程度大。
离子交换树脂在使用前，对其进行预处理。有的不进行预处理，而有的处理方法不当或处理程序不完善，达不到树脂预处理的目的，大大降低了树脂的使用寿命，严重的可造成树脂结构破坏而报废。
运行中的树脂也经常被重金属离子及其氧化物污染，其中常遇到的是铁的化合物。阴树脂被污染的可能性更大，这主要是因再生阴树脂的碱不纯，特别是由于液体碱中含有铁的化合物比较多而引起的。铁与大分子有机物生成络合物进入阴树脂网络，也会导致阴树脂受到污染。
