科研院所申请进出口权须履行以下程序：各部门直属科研院所应向其主管部门提出书面申请，由主管部门送科技部和外经贸部；地方科研院所向所在省、自治区、直辖市及计划单列市经贸厅（委）和科委提出书面申请，由经贸厅（委）和科委负责审查，取得一致意见后联合报科技部和外经贸部。科技部对各部门、各地区报送的科研院所进行审查后，提出审查意见分批送外经贸部，外经贸部根据科技部的审查意见，进行审核批复。
对出口创汇达到1亿美元的外贸公司有关部门也将授予其对外承包工程和劳务合作经营权。
对设计院在国外承担过重要工程项目并持有建设部颁发的勘察设计监理证书和勘察设计院，并已在外开展1—2个经营项目，将授予其相应的勘察、设计、咨询和监理等对外经营权。
在从事自营进出口贸易活动中，可以享受与公有制自营进出口生产企业或科研院所相同的待遇。
遵守国家有关对外贸易的方针政策和法律、法规。
接受外经贸主管部门和进出口商会的监督、管理和协调。
