集装箱运输的管理方法和工作体系与传统运输方式不同，其主要的关系方有集装箱运输经营人、无船承运人(NVOCC)、实际承运人、集装箱租赁公司、集装箱码头（堆场）和货运站。
他们经营集装货运的揽货、装箱、拆箱、内陆运输及经营中转站或内陆站业务，可以具备实际运输工具，也可不具备。
减少营运费用，降低运输成本，由于集装箱的装卸基本上不受恶劣气候的影响，船舶非生产性停泊时间缩短，又由于装卸，装卸时间缩短，对船公司而言，可提高航行率，降低船舶运输成本，对港口而言，可以提高泊位通过能力，从而提高吞吐量，增加收入。
船公司对船舶和集装箱进行巨额投资。根据有关资料表明，集装箱船每立方英尺的造价约为普通货船的3.7~4倍。集装箱的投资相当大，开展集装箱运输所需的高额投资，使得船公司的总成本中固定成本占有相当大的比例，高达三分之二以上。
为开展集装箱多式联运，还需有相应的内际设施及内陆货运站等，为了配套建设，这就需要兴建、扩建、改造、更新现有的公路、铁路、桥梁、涵洞等，这方面的投资更是惊人。可见，没有足够的资金开展集装箱运输，实现集装箱化是困难的，根据国力量力而行，后实现集装箱化。
集装箱的适箱贷源，根据国家《关于发展我国集装箱运输若干问题的规定》中规定的适箱货为12个品类，即交电、仪器、小型机械'玻璃陶瓷、工艺品；印刷品及纸张、医药、食品、日用品，化工品、针纺织品和小五金等杂货、贵重、易碎、怕湿的货物均属于集装箱运输货物、集装箱货源从运输组织上分为整箱货和拼箱货两类。整箱货是指发货人需单使用一个集装箱的货物，整箱货是由发货人负责装箱t计数并施封。拼箱货是指两个以上发货人货物拼装在一个集装箱内的货物，拼箱货的装卸作业由承运人或有关运输代理部门负责。
