认证工厂自认证合约签约日起，应确实依据「食品GMP追踪管理要点」（PMCC-之规定接受追踪查验，如有异常情形时，由认证执行机构通知限期改善。经认证执行机构以书面通知限期改善无效时，得报请推行取消该认证工厂或产品之食品GMP认证资格，并由推广宣导执行机构通知终止合约书。
为提升食品GMP认证工厂之升级诱因，晋升优级之食品GMP认证工厂，得依「优级食品GMP认证工厂奖励要点」予以奖励。
通过认证之工厂或产品，于十二个月内累计年度缺点达三次者，由认证执行机构报请推行取消该工厂或产品之食品GMP认证资格及认证标志使用权。
认证工厂依本规章相关规定接受产品检验时应缴费，并于收到执行机构缴费通知后一个月内缴清。逾期未缴者，经再限期催缴（每次催缴期间为一个月），且于十二个月内累计催缴纪录达三次者，得由执行机构报请推行取消该工厂之食品GMP认证资格及认证标志使用权。
GMP认证的意义：
•为食品生产提供一套遵循的组合标准。
•为卫生行政部门、食品卫生监督员提供监督检查的依据。
•为建立国际食品标准提供基础。
•便于食品的国际贸易。
•使食品生产经营人员认识食品生产的特殊性，提供重要的教材，由此产生积极的工作态度，激发对食品质量高度负责的精神，消除生产上的不良习惯。
•使食品生产企业对原料、辅料、包装材料的要求更为严格。
•有助于食品生产企业采用新技术、新设备，从而食品质量。
GMP是世界卫生组织（WHO），对所有制要企业质量管理体系的具体要求。国际卫生组织规定，从1992年起出口药品按照GMP规定进行生产，药品出口初具GMP证明文件。GMP在世界范围内已经被多数国家的、制药企业和医药一致公认为制药企业和医院制剂室进行质量管理的优良的、的制度。
