在使用二手冷藏集装箱运输水果的时候，需要考虑到水果的呼吸作用和乙烯的催熟作用，从而对箱内的环境加以控制。 气调法是比较常用的一种方法，就是指将果蔬用气密材料包裹，使果蔬和周围的气体不能进行交换，而果蔬可以依靠自身的呼吸作用，使储藏环境的气体含量达到适宜的标准；也可以适当冲入气体，来维持各种气体的平衡。然后就是连续气调法，这种方法是指通过检查仪器，对冷库内部的气体含量进行检测与调整，冷库内部的各种气体的成分与设定的标准相一致。 有时候还会利用高锰酸钾吸收乙烯的化学原理，来减少二手冷藏集装箱内部乙烯的含量，调节各种气体的比例。
冷藏箱租赁时要对集装箱进行检查，从箱子内部和外部检查、箱门检查、清洁检查以及附属件检查等。应查看内、外的六面有无损伤、变形、破口、漏水、漏光等现象，箱门、门锁是否完好，还应检查箱子有无残留物、有、水迹、锈蚀异味等情况。后还应检查台架式集装箱的支柱，平台集装箱、敞顶集装箱上部延伸用加强结构等附属件是否处于良好状态。
请务必合理的装载货物，如果您将货物过多的装载到箱内，大负荷高度不应超过集装箱的红色载重线。不然会影响到冻柜内部的冷风循环，引起风力循环不畅导致冷柜保温效果变差甚至失效。冻柜集装箱装货时，将货物摆放至 T 型地板边缘。 这可确保在整个集装箱内有均匀的空气流通。如果货物不够填满 T 型地板，建议用填充物或衬垫塞满空位。 这种方法也可用于填充托盘之间的中间板面上的空隙。遵循以下指引，您可确保冰冻柜集装箱中的空气按您想要的路线在商品周围流通，而不是绕过整箱货物。
二手集装箱既然作为了一种运输工具，那么在运输过程中难免会遇到腐蚀性的物体，密封件的装卸，运输过程中的碰撞等等都会造成箱体的损伤以及其他的安全隐患。而且这种运输通常都是长期的，路途遥远的，在这个过程中总有无法避免的一些因素会对其造成污染，无论是来自外界还是操作失误导致，所以，安全清洗就显得格外重要。
二手集装箱前期的用途是作为废旧的金属材料收回。由于集装箱全部是由金属制造，例如一般干货箱成分是钢材， 冷藏集装箱成分是不锈钢、不锈铁、铝等，因此前期集装箱被挑选下来后基本都是作为废金属收回。
很多货主在出口冷藏货物装箱的时候，会将冷藏集装箱预冷到设定温度，这种做法其实有可能会对货物和冷藏集装箱两者都带来不良影响，这是不科学的做法，会因此不能的集装箱冷藏(冻)运输。
