畜禽尸体在运输和处理过程中应遵循既防止病原扩散，又防止污染环境的原则。畜禽尸体应装入密封袋，确保包裹严密，不渗出液体。运输车辆应密闭防渗，车辆和相关运输设施离开圈舍和掩埋点时应进行的清洗消毒。
无害化处理人员作业时，应穿防护服、戴口罩、手套、护目镜，穿水靴，做好自我防护。处理完毕后，应及时对个人及环境进行消毒，接受健康检查，出现不良症状时及时就医。
强降雨过后，致使防疫设施不健全，病原易大量扩散。大量畜禽因灾死亡，病原微生物在尸体上滋生；同时，土壤中的大量病原微生物被暴露，易污染水源等环境。水灾过后要指导灾区养殖场(户)做好圈舍及周围环境的清扫消毒工作；特别要注意防非洲猪瘟病毒扩散。
水灾过后，猪舍内空气质量一般不佳，湿度大，夏季炎热高温，许多猪舍损坏，猪群直接暴露在日光下，在这样的环境条件下，极易导致猪出现应激，甚至中暑。此时应给猪提供充足、清洁的水源，使用含有色氨酸、甜菜碱等的第三代抗应激产品也能猪群顺利度过灾后难关。
针对这种局面，农业农村部连续通过媒体发布预警信息，提醒养猪场户避免投机性压栏和恐慌性出栏，加快淘汰低产母猪，配合国家发展改革委发布了猪粮比价过度下跌的预警，并且分两批收储了3.3万吨猪肉。
目前新希望六和下属生猪、饲料、禽产业和食品等版块除围墙倒塌和货物打湿等情况外，人员基本安全。新希望六和已做好部署，在应急自救的基础上，密切关注合作养殖户的人员财产及畜禽安全，及时帮助农户灾后防疫、恢复生产工作。目前，新希望已派出多支服务养殖户的专项小分队参与到河南养殖户的抢险和修复中。
