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通常，冷藏货物可以分成两种：冷藏和冷冻
许多冷藏货物（例如水果）被视为是“活性（live）”货物，因为其在采摘过后仍然能够进行呼吸并且由于自热、早熟、干燥（萎蔫和枯萎）和其他条件而容易腐烂。然而，其它商品比如冷藏肉/鱼类和奶酪则并非如此。水果的低设定温度通常不低于-1.1℃（30°F）。相反，冷冻货物通常被认为是“惰性(inert)”货物，一般在-18℃（0°F）或更低温度下运载。既然冷藏和冷冻货物都是易腐烂的，就注意确保这类货物以佳状态交付。对于冷藏货物，除了有限的几种例外情况（比如肉，巧克力，胶片，化学物品，奶制品，人工气调储藏运输货物）外，其通风设备通常要保持开启状态。一些货物可能要求湿度控制或者大量的新鲜空气（比如球茎花卉）。应当注意大多数冷冻装置仅能够减少湿度，并且这取决于所提供的新鲜空气的数量。人工气调储藏运输的货物需要使用能够利用氮和二氧化碳替代氧气水平的用途的集装箱，来延长已采摘的产品的保质期。这种方法适用于许多有核和无核水果，但要求具备的知识来确定适宜的气体浓度水平。
集装箱按所装货物种类分，有杂货集装箱、散货集装箱、液体货集装箱、冷藏箱集装箱等;按制造材料分，有木集装箱、钢集装箱、铝合金集装箱、玻璃钢集装箱、不锈钢集装箱等;按结构分，有折叠式集装箱、固定式集装箱等，在固定式集装箱中还可分密闭集装箱、开顶集装箱、板架集装箱等;按总重分，有30吨集装箱、20吨集装箱、10吨集装箱、5吨集装箱、2.5吨集装箱等。
冷藏集装箱除了货物的设定值和送风、回风温度外，温度控制系统还会以错误代码的形式提供有关系统问题的详细信息。货物温度可通过美国农业部（USDA）探测仪记录，安装该探测仪是为了符合美国农业部针对水果的运输的冷藏处理程序。托运人放置于所载货物中的数据记录仪也会记录大体温度。当冷藏装置失灵时，温度显示和数据记录将会展示一个逐渐稳定的温度上升直至终达到周围环境温度值过程。再次强调，感应器只会记录空气温度，而非货物温度。货物将会受到周围绝热材料一定的保护，防止受到外部空气温度的影响。
冷藏集装箱根据制冷方式分类
(1)外置式冷藏集装箱。无制冷装置，箱体隔热结构良好，箱端处有软管连接器，可与船上或陆上冷冻站的制冷装置连接，供给箱体冷源。
(2)内藏式冷藏集装箱。箱体设有制冷装置，由船上或陆上电源供电，或自备发电机供制冷装置运行使用，以向集装箱供冷。
(3)冷冻板冷藏集装箱。利用冷冻板低温共晶溶液进行蓄冷并向集装箱提供冷源。
(4)液氮或干冰冷藏集装箱。利用液氮喷淋或干冰向集装箱提供冷源。
(5)气调冷藏集装箱。利用控制集装箱内空气中的氧、二氧化碳和乙烯等气体的浓度，抑制果蔬的呼吸和催熟作用，并把向内温度降至所需贮藏温度的一种特种冷藏集装箱。
如果冷藏机器装置在船舶航行过程中发生故障或者出现不稳定状况，并且无法在船上得以修复，船舶应当将此情况通知下一个港口的公司办事处或代理，以便能够在其到达该港时安排好修理工作。在这种情况下，应当指派检查人检查故障细节，并对集装箱货物的情况进行评估。
