净化车间正确清理方法，保持过滤器的效率(定期更换过滤器)、防止灰尘二次飞扬、维持车间正压。从维护管理方面看，过滤器随着捕集灰尘的增加，系统阻力随着增加，过滤效率也会降低;这时室内正压和洁净度就难以。一旦无尘车间的正压值降低，相邻的房间正压值就会大于无尘车间，这时灰尘会大量进入，影响洁净度。
有些空气净化系统的空气，如经处理仍不能避免交叉污染时，则不能循环使用：固体物料的粉碎、称重、配料、混合、制料、压片、包衣、灌装等工序；用有机溶媒精制的原料药精制、干燥工序；放射性药品生产区；病原体操作区；工艺过程中产生大量有害物质、挥发性气体的生产工序；固体口服制剂的颗料。
净化车间拆除回收净化回收设备具有三大特性：1、净化系统机动性强，前后期烟气可不回收，净化后直接排放；2、净化系统主要以降温、除尘为主，余热可回收，煤气可回收；3、烟气中磷P、硫S、氢H、氮N等含量虽少，但其氧化后仍有酸性氧化物及水汽产生的酸腐蚀，另外随着降温烟气温度变化大，因此净化设备要涂覆耐酸耐腐蚀涂料做防护，且防护涂料要耐高温、附着力强、耐温变、耐热震不脱层。
