制冷系统连接管道有漏点，如焊接问题、环境造成的腐蚀问题、机械振动造成断裂问题、人为因素等等造成低压故障处理。这类问题处理起来比较简单，要用检漏液（肥皂水、或洗洁精兑水）或卤素检漏仪一般都可以找到泄漏点，当找到泄漏点后用焊接设备焊接并且做必要的真空处理后，按照厂方的规定量充注冷媒后，设备即可恢复正常运行。
水的软化，在使用冷水机的过程中，也是一个不可忽视的问题，对水的ph值也需要不断地观测，佳ph值应等于7，大于7的ph值会产生可怕的腐蚀现象，如不采取措施，会在蒸发器、模具内生垢，会起隔热的作用，严重时，使其能量的转换效果降低30%。很明显这就要求考虑对硬水的软化。有效的方法，可在系统中配置一台电子硬水软化器，这样的软化器是以离于交换原理设计制作的。根据流量的不同可配置不同规格的软化器，直接连接在循环水管路中，一般配置有水处理软化器所需费用也不会太高，也可定期间循环系统中加入一定比例的除垢剂。
在冷水机组的实际运行中，为了保持工业冷水机组的安全性和稳定性，工业冷水机组在使用半年后应进行清洗。特别是对于容易出现污垢的地方，要清洗，依靠各种的清洗溶剂达到更好的清洗效果，保持工业冷水机具有更高的散热性能，在更短的时间内为企业建立性的低温环境，提高企业整体工作效率。
