冷藏箱装载完毕并且电源接通后，应安排有经验的船员检查确认冷藏装置开始运转，温度正在逐步达到设定值。如果冷藏装置不运转，应当采取基本检查措施。许多冷藏货物索赔产生的原因是对于华氏度和摄氏度，以及正负温度的混淆。冷藏货物装上船后，就要注意确保温度设定正确。如果实际温度设定与货物运输指示之间存在任何差别，均应立即汇报。
冷藏集装箱租赁的程租包含单越租用和来往返租用二种方法。在其中单越租用多条航道上去往返一手货源不平衡的状况，即从起运港空运提单单趟应用海运集装箱；来往返租用则一般用以来往返有较均量的航道。
使用二手冷藏集装箱运输时，安全稳定性非常重要。二手冷藏集装箱往往很重，人力拿不起，运输中满足加重设备和其他运输设备的要求。它也因为它的重量，往往会引起重心脏中运输设备的不稳定，所以在端角使用保护包装，以免容器被抓挠，引起变形。
