在运用大孔吸附树脂进行分离精制工艺时，其大致操作步骤为：大孔吸附树脂预处理——树脂上柱——药液上柱——大孔吸附树脂的解吸——大孔吸附树脂的清洗、再生。由于每一个操作单元都会影响到大孔吸附树脂的分离效果，因此对大孔吸附树脂的精制工艺和分离技术的要求就相对较高。
大孔吸附树脂是否失效，主要以所吸附物质来确定。如果判断单周期运行终点，则可以根据所吸附底物性质来定，具体可以通过测定PH、电导率、折光、色谱等方法测定。一旦出口有少量底物泄露，说明部分树脂已经失效，此时可根据实验目的判断是否继续运行，若出口几乎已经与入口一致，则树脂基本上已经完全失效。
被吸附化合物的分子量大小不同，要选择适当孔径的树脂以达到有效分离的目的。在同一种树脂中，树脂对分子量大的化合物吸附作用较大。化合物的极性增加时，树脂对其吸附力也随之增加。若树脂和化合物之间产生氢键作用，吸附作用也将增加。
