1. 认证机构的认可
目前共有84家认证机构（包括私营机构和机构）通过USDA的认可，可以从事产品认证活动，其中49家是美国机构，另外35家是美国以外的机构。大部分机构是直接被USDA-NOP认可的，20家机构是通过美国与其他国家签订的认可协议获得认可的。目前尚无中国机构获得认可。
申请认可的认证机构向NOP下设的认可和国际活动处（AIA）递交申请表，并缴纳500美元申请费用。由评审办公室（Audit，Review and Compliance Branch, ARC）进行文件审核，并组织评审组对认证机构进行现场评审。在文件审核和现场审核的基础上，AIA对评估报告进行审核，确认对认证机构开具的不符合项整改完成后，将审核通过的报告提交认可（Accreditation Committee，AC）；AC再次对评估报告进行审核后，做出是否予以认可的建议并报AMS；AMS终决定是否予以认可，对获准认可的认证机构颁发证书并在网站上发布获得认可的认证机构信息（名称、地址、认可范围、认可有效期）。
什么是美国有机认证
美国有机认证是美国的有机认证。因为它的严苛程度已经到了只有认证使用了有机成份才能够在产品包装上印有USDA标识。它与其他认证理念稍微不同的点在于，认证标准主要是考虑控制产品的生产、加工和运输过程，而不是对产品本身进行上市前的品质分析和鉴定。也就是说，如果一种产品在生产、加工和运输等各个环节都严格按照国家有机标准执行，则该产品可以获得有机认证。
认证程序的特别问题
1、认证程序的一般问题，请参考“有机认证步骤简介”
2、应在现场检查之前提交并复审有机管理计划。并且每年应更新，每年要复审。
3、有机管理计划的任何有关改动例如：新的生产场所或地块，新作物，新肥料或农药、新原理供应商，新的加工食品配方，或者新标签，在使用前要递交给认证机构批准。
4、特别关注这样一个事实，经营者拿到被抽到的样品，要立刻告知他检验结果。
5、证书直到被撤销，暂停或交回都是有效的。如果一个经营者想要停止（暂时或永远地）NOP认证，应该正式地交回NOP证书。否则，CB暂停它。暂停认证只能由USDA恢复，而不是认证机构。
6、在建议暂停或建议撤销后，在暂停或撤销生效前客户有30天或者与认证机构达成
解决协议（有无第三方的居中调解均可），或者向USDA申诉。
7、为了只使用有效的NOP证书，遵守§ 205.504 (b) (5)。
8、申请者任何时候都可以取回您的证书。您将负责撤销期间所提供的服务费用(§ 205.402 c)。
