冷藏集装箱的陆上运输工具中有温控集装箱的水运交通工具，以及运用更高运速的空中运输工具。但是用户在选择以上三种运输方式的时候，还应该仔细去考虑冷藏运输多少钱这个问题，因为只有在不断的对比和分析当中，才能选择出适合自身的冷藏运输方式。
机械式冷藏集装箱也有一些缺点：如设备复杂、初始投资大、维修费用高；箱内温度梯度要大于液氮冷藏集装箱；箱内需设风机、风道系统，会增加箱内货物的干耗、脱水。
冷藏集装箱的水果的低设定温度通常不低于-1.1℃（30°F）。相反，冷冻货物通常被认为是“惰性(inert)”货物，一般在-18℃（0°F）或更低温度下运载。既然冷藏和冷冻货物都是易腐烂的，就注意确保这类货物以佳状态交付。对于冷藏货物，除了有限的几种例外情况（比如肉，巧克力，胶片，化学物品，奶制品，人工气调储藏运输货物）外，其通风设备通常要保持开启状态。
冷藏集装箱的一些货物可能要求湿度控制或者大量的新鲜空气（比如球茎花卉）。应当注意大多数冷冻装置仅能够减少湿度，并且这取决于所提供的新鲜空气的数量。人工气调储藏运输的货物需要使用能够利用氮和二氧化碳替代氧气水平的用途的集装箱，来延长已采摘的产品的保质期。这种方法适用于许多有核和无核水果，但要求具备的知识来确定适宜的气体浓度水平。
使用冷藏集装箱的时候，要注意在冷藏箱装满货之后检查一些原有的质量，这样才会确保质量是合格的。在装箱的过程中，要按照装货堆码的原则，这样才可以更好的避免冷风短路降温的情况，从而可以提高制冷设备的制冷效果。
在使用冷藏集装箱的时候如果是长距离运输，那么箱内的温度差不能超过3度，这样才可以箱内的温度保持在一个恒温的状态。如果是运输新鲜的水果或者是蔬菜，那么要及时打开新风口，可以进行通气。
