为提升食品GMP认证工厂之升级诱因，晋升优级之食品GMP认证工厂，得依「优级食品GMP认证工厂奖励要点」予以奖励。
食品GMP接受委托代工之产品申请认证时，认证工厂应于委托代工合约书中，载明委托代工厂商不得冒用该委托代工产品之认证标志及字号。接受委托代工之认证工厂应对上述仿冒情节负监督责任，如有发现仿冒事实时，应立即通报食品GMP认证执行机构处理。认证工厂如未善尽监督上述仿冒之职责，经查明属实者，得登录该工厂及产品年度缺点各一次，并列入加严追踪管理。
认证工厂依本规章相关规定接受产品检验时应缴费，并于收到执行机构缴费通知后一个月内缴清。逾期未缴者，经再限期催缴（每次催缴期间为一个月），且于十二个月内累计催缴纪录达三次者，得由执行机构报请推行取消该工厂之食品GMP认证资格及认证标志使用权。
食品GMP认证体系之相关人员，于处理厂商文件数据时应遵守下列原则：
一)厂商检送之文件资料内容，如有保密必要者，得不必检附或予以涂销，但于接受现场评核时，应准许评核人员在现场查阅。
二)食品GMP执行机构应依据「食品GMP认证体系数据保密处理要点」之规定，督导有关人员确实执行，以防止泄漏业者产业机密。
三)赴厂辅导或评核有关人员，未经厂商许可不得擅自影印或抄录厂商任何文件或数据。
制订和实施GMP的主要目的是为了保护消费者的利益，人们饮食安全；同时也是为了保护食品生产企业，使企业有法可依、有章可循；另外，实施GMP是和法律赋予食品行业的责任，并且也是中国加入WTO之后，实行食品质量制度的需要----因为食品生产企业若未通过GMP认证，就可能被拒之于国际贸易的技术壁垒之外。
GMP是世界卫生组织（WHO），对所有制要企业质量管理体系的具体要求。国际卫生组织规定，从1992年起出口药品按照GMP规定进行生产，药品出口初具GMP证明文件。GMP在世界范围内已经被多数国家的、制药企业和医药一致公认为制药企业和医院制剂室进行质量管理的优良的、的制度。
