笔迹鉴定是同一认定鉴定，整个过程可以分为分别检验、比较检验、综合判断三个阶段，每个阶段都有相应但不同方法。
根据检材笔迹的特点和案情，准确地判断笔迹特征的变化或伪装以及变化或伪装的原因与程度。如检材笔迹熟练程度一致，书写水平与语文水平相适应、运笔自然，笔画间搭配比例协调，书写动作规律性强，既可认定其为正常笔迹。如检材笔迹的大小与斜度程度不均匀，书写速度不一致，运笔不自然，笔画转折生硬但书写动作有一定体系，相同的单字、笔画特征基本一致，说明它是由于客观原因或出伪装以外的其他主观因素影响形成的变化笔迹。
如检材笔迹熟练程度不一致，书写动作不成系统，笔画弯曲、断续，且有停顿、修描痕迹，字的结构与形态不正常，动作技巧能力与语文水平不相称，一般可判定其为伪装笔迹。
比较检验的主要任务是确定检材笔迹和样本笔迹两者之间的相同特征与不同特征，为综合评断提供依据。比较检验的内容有四个方面：
检验内容
比较书写动作一般状况特征、文字布局特征、书面语言特征的相同与不同；
比较单字或笔画单个特征的相同与不同；
笔迹鉴定
比较各组特征的相同与不同；比较各类特征的相同与不同；
对于字迹多的检材，比较检验时要对上述四方面的相同特征和不同特征进行地统计分析，用数学方法反映书写习惯的量与质方面的异同。比较笔迹特征异同的方法，是以目力观察比较为主，并借助于摄影仪、比较显微镜、幻灯片进行形态比较。
笔迹鉴定既要重视对差异点的评断，也要重视对符合点的评断，不能片面地否定一方面就盲目的肯定另一方面，即在确定差异点属于非本质的性质以后，就贸然做出肯定同一结论是不科学的。符合点也有本质的符合和非本质的符合之分，如果检材笔迹与样本笔迹相同特征的数量、质量占优势，即构成本质符合性质；如果两者相同特征在数量、质量方面占的比例小，即属于非本质性的符合。经过差异点和符合点的评断，如果检材笔迹与样品笔迹之间，出现了本质符合和非本质差异，或者本质差异与非本质符合的的结果，既可做出检材笔迹与样品笔迹是同一人书写或不是同一人书写的确切结论。
文件检验是以众多学科知识为基础，研究识别鉴定文件物证理论和方法的科学，是确定文件与案件事实与当事人或嫌疑人关系的侦查和司法鉴定的手段。
污损文件检验的对象是各种被污染损坏、难以辩认或是怀疑被篡改伪造的文件物证。污损文件检验是在研究认识各种污损文件物证形成和变化规律的基础上，运用一定的理化技术手段，对污损文件物证进行的整复和显现，或确定文件物证的制成时间揭露变造事实。
对笔迹鉴定的申请由谁提出，应当根据具体案情的不同而分配。当原告所提供证据达到了证明借贷关系成立或证明了借条系被告所书，完成了举证责任时，被告如否认是其签字则由被告申请作笔迹鉴定；当原告本身不能完成证明责任时，则应当由原告自己申请作笔迹鉴定，从而完成自己的证明责任。只有在原告完成了借条是被告所签的举证责任后，被告抗辩时，举证责任才依法发生转移，由被告对抗辩事实进行举证，这是对“谁主张、谁举证”原则的正确理解。
