利用木瓜蛋白酶的酶促反应，可把食品中大分子的蛋白质水解成小分子肽或氨基酸，可制成：肉类嫩化剂，嫩肉粉的生产，啤酒、果汁饮料澄清剂，酒类发酵剂；饼干、面包、面条的减筋生产与加工，饼干松化剂的生产；水解各种动物蛋白质，酱油酿造，酵母抽提物、酵母浸膏生产；在各种动植物食品，蛋白粉，螺旋藻等类生产应用。提高食品的营养价值。
中国食品酶制剂种类较多，其中，碳水化合物用酶、蛋白质用酶、乳品用酶占食品酶制剂的比重较大，所占比例为81.7% 。在食品加工过程中常用的酶制剂主要有以下几种：木瓜蛋白酶、谷氨酰胺转胺酶、弹性蛋白酶、溶菌酶、脂肪酶、葡萄糖氧化酶、异淀粉酶、纤维素酶、超氧化物歧化酶、菠萝蛋白酶、无花果蛋白酶、生姜蛋白酶等。
饲料酶制剂是近年来伴随饲料工业和酶制剂工业不断发展而出现的一种新型饲料添加剂，具有提高养分消化率、提高配合饲料质量稳定性、降低环境污染等作用。作为一类、、和环保性的绿色饲料添加剂，饲料酶制剂已成为世界工业酶产业中增长速度快、势头强劲的一部分，其应用效果已在世界范围内得到公认。中国饲料酶制剂自20世纪80年代开始在饲料中添加应用。
