生物液体燃料经过几年的蓬勃发展，其对环境的负效应引起了人们的关注，争论也日趋激烈，各国重新审视生物燃料政策成本以及这些政策可能产生的后果。近年来的研究表明，生物燃料生产的环境成本因原料生产与供应、转化技术等不同差异，使用生物燃料以减轻环境污染的政策目标受到越来越多学者的质疑。
许多生物液体燃料政策基于“碳中性（Carbon Neutral）”的物理假设，将温室气体减排设定为政策目标之一。所谓碳中性，即指从理论上来讲，生物液体燃料燃烧所排放的二氧化碳与能源作物生长过程中从大气中固定的二氧化碳之间实现了碳平衡。但在实际生产过程中，无论是能源作物的种植过程，还是生物液体燃料的生产加工过程，均需要投入大量的化石能源，生物液体燃料的碳中性问题受到了的质疑。近的研究成果也显示，生物液体燃料温室气体排放受能源作物物种、加工工艺、转化效率等多种因素影响，结果差异很大。
近年来，随着生物燃料的快速发展，市场对能源作物需求远远超过了对农产品的需求，能源作物的大规模种植造成土地利用方式的转变，农田、甚至林地、草场大规模用来种植能源作物，而这种土地利用方式的转变造成的潜在影响。
