微波杀菌是利用了电磁场的热效应和生物效应共同作用的结果。微波对细菌的热效应是使蛋白质变性，使细菌失去营养、繁殖和生存的条件而死亡。微波对细菌的生物效应是微波电场改变细胞膜断面的通透性能，细菌因此营养不良，不能正常新陈代谢，细菌结构功能絮乱，生长发育受到抑制而死亡。此外，决定细菌正常生长和稳定遗传繁殖的核酸（RNA）和脱氧核糖核酸（DNA），是由若干氢键松弛、断裂和重组，从而诱发遗传基因突变，或染色体 嘁畸变，甚至断裂。
杀菌机是啤酒包装生产线上的关键主机之一，其主要任务是杀死残存于酒液中的酵母菌和其它杂菌，啤酒的生物稳定性，使之有利于长期保存。通常以PU值(即巴斯德灭菌单位，凡在60°C经历1分钟所引起的灭菌效应为1个PU值)的多少来表示杀菌的深度。不足或过度将分别对啤酒的保质期和风味产生影响，因此将PU值控制在一定的范围内是杀菌机的主要技术指标。该系统将PU值与喷淋水温度、运行时间等参数联系在一起，操作者只需输入所需要的PU值，计算机将自动地控制各温区的喷淋水温度并显示杀菌机内每一排啤酒所达到的PU值。此外，本系统还具备停机自动选择参数功能，随着停机时间的长短，自动调节各温区的温度，以PU值控制在一定范围内。同时本系统还有工作状态监视、故障诊断和管理等功能，是一种智能化的“傻瓜”控制系统。
输入温度信号经PID运算后，由可编程控制器输出标准电控信号(0-24VDC)给电磁阀，电磁阀将电控信号(0-24VDC)转换成气控信号(20-100KPa)，后由气动薄膜阀执行自动调节，以控制冷却水或通过热交换器的蒸汽量，使各温区温度得到控制。
在可编程控制器内，各温区输出信号与水泵联动，即只有当水泵工作，继电器闭合时，气动薄膜阀才能执行自动调节，否则，调节阀将自动关闭。此外，对杀菌恒温区和高温区而言，若生产线上的某一环节发生故障，输瓶机构停止工作，系统将根据停机时间的长短自动调节温度设定值，确保杀菌质量。
从控制方式上分有四种:
1、手动控制型：所有阀门和水泵均由手动控制，包括加水、升温、保温、降温等工序。
2、电气半自动控制型：压力由电接点压力表控制，温度由传感器（pt100）和进口温控仪控制（精度为±1℃），降温过程由人工操作。
3、电脑半自动控制型: 采用PLC和文本显示器将采集的压力传感器信号和温度信号进行处理，可以储存杀菌工艺，控制精度高，温控可达±0.3℃。
4、电脑全自动控制型：全部过程都有PLC和触摸屏控制，可以储存杀菌工艺，操作工只需按启动按钮即可，杀菌完毕后自动报警，温控精度可达±0.1℃。
从杀菌方式上分有三种：
1、 热水循环式杀菌：杀菌时锅内食品全部被热水浸泡，这种方式热分布比较均匀。
2、蒸汽式杀菌：食品装到锅里后不是先加水，而是直接进蒸汽升温，由于在杀菌过程中锅内存在空气会出现冷点，所以这种方式热分布不是均匀。
3、淋水式杀菌：这种方式是采用喷嘴或喷淋管将热水喷到食品上，杀菌过程是通过装设在杀菌锅内两侧或顶部的喷嘴中，喷射出雾状的波浪型热水至食品表面，所以不但温度均匀无死角，而且升温和冷却速度迅速，能全面、快速、稳定的对锅内产品进行杀菌，特别适合软包装食品的杀菌。
淋水式杀菌又可分为淋水回转式；淋水静止式；脉动侧喷淋水式等 。
