环氧乙烷器应安装在无菌环境中，距离压缩空气较近处。该环境中要设置排风扇，及时排除弥散在空气当中的环氧乙烷气体。用环氧乙烷的物品须用特制的标准纸塑包装。包内放指示卡。消毒日期一般为1-2年。如消毒各类物品，特别是各种管道干燥，防止因有水而达不到效果。凡油类物品严禁用环氧乙烷器。因达不到目的。
环氧乙烷气体穿透力强，可对包装好的物品进行消毒。
环氧乙烷几乎可用于所有医疗用品的消毒，但不适于食品、液体、油脂类、滑石粉和动物饲料等的消毒。
适合于环氧乙烷消毒的包装材料有纸、复合透析纸、无纺布、通气型硬质容器、聚乙烯等。不能用于环氧乙烷消毒的包装材料有金属箔、聚氯乙烯、玻璃纸。改变包装材料应作验证，以被消毒物品准确的可靠性。
关闭柜门,开启电源,按灭菌柜设计程序进行灭菌。灭菌完毕,取出平皿,将菌片取出接种于含 5.0ML 营养肉汤培养基试管中,置 37℃ 培养箱内作定性培养。72 H 后观察结果。 肉汤管混浊者表示有菌生长, 判为阳性; 肉汤管澄清者表示无菌生长, 继续培养至第 7 D, 若仍无菌生长,判为阴性。 对难以判定的肉汤管,取其中 0.2ML 悬液接种营养琼脂平板,用灭菌 L 棒涂布均匀,置 37℃ 培养箱中培养。48 H 后涂片染色，在显微镜下观察菌落形态,或进一步做其他试验,以判断生长者是否为试验菌。若有非试验菌污染，应查找原因重新进行试验。
