生产蛋白饲料的关键是筛选和培养具有优良特性的菌种，理想的微生物菌种应具备下列条件：
（1）安全性好，活性强；
（2）能够利用多糖的混合物；
（3）能较好地同化基质碳源和无机氮源；
（4）能够深入到物料中，也能穿入基质细胞内；
（5）生长迅速，抗杂菌能力强，染菌概率小；
（6）可以在含水量低的基质中生长；
（7）能够耐受高浓度的营养盐；
（8）菌体本身蛋白质含量较高。通常采用的菌种为真菌、酵母菌和霉菌，如酿酒酵母、产朊假丝酵母、热带假丝酵母、米曲霉、黑曲霉、白地霉等。
现代微生物发酵多为纯种发酵，即用纯的单一菌落进行发酵，但是，在长期的实验和生产实践中，人们不断的发现许多重要生化过程是单株微生物不能完成或只能微弱地进行的，依靠两种或多种微生物共同培养来完成，即混合发酵。合的多种菌种，增加了发酵中许多基因的功能，通过不同代谢能力的组合，完成单个菌种难以完成的复杂代谢作用。如霉菌和酵母菌的混合培养，霉菌可分解纤维素和淀粉，而酵母菌主要利用糖原，菌群的协同作用提高了对底物的利用效率及产品的蛋白质含量和营养功能，达到了更好的发酵效果。
在传统的饲养过程中，当般猪只的饲料利用率约为65%～70%，吃的越多，浪费越大。尤其是蛋白质饲料。因此，养殖户在无法左右饲料价格的情况下，提高饲料利用率、减少损耗。而利用微生物发酵饲料喂养，可比常规饲料喂养节约15%的成本。
微生物饲料是以微生物、复合酶为生物饲料发酵剂菌种，将饲料原料转化为微生物菌体蛋白、生物活性小肽类氨基酸、微生物活性益生菌、复合酶制剂为一体生物发酵饲料。该产品能替代10%的谷物蛋白，改善饲料营养结构，大幅降低饲料成本，具有很高的经济效益。实验表明，利用微生物发酵饲料可以将饲料利用率提高至80%～85%。
微生物发酵饲料中营养成分高，提高了养分利用率，适口性好。含有多种有益微生物，如霉菌、酵母菌及细菌的一些类群，可补充有益菌，调节动物的微生态平衡，增强了猪只的力，使猪只健康程度提高，减少了用药成本，消除排泄物臭味等方面。解决抗生素残留和环境污染等问题，还能调整农业产业结构，实现能源综合利用，促进农业的可持续发展。
随着集约化养殖业的迅猛发展，单纯依靠鱼粉难以满足水产养殖业发展的需求，用其他动植物蛋白源部分或完全替代鱼粉已成为目前亟待解决的问题。在之下，动物性蛋白的价格涨幅超过植物性蛋白，因此植物性蛋白替代鱼粉在水产当中担负着更为重要的使命。
植物蛋白来源广泛、供应稳定，价格远远低于动物蛋白和鱼粉，是良好鱼粉替代物。但由于其中抗营养因子的存在和氨基酸不平衡等因素，使得养殖对象的生理功能、肉质组分及生长率都会或多或少的受到影响。
