由于复合碘对于原生动物的蛋白质都有阻碍合成的作用，所以使用后池塘中的有益菌会和其他真菌、病毒一样都会被杀灭掉。所以，在使用了复合碘之后还是需要对池塘进行重新培菌
复合碘还可以使用在无鳞鱼[无鳞鱼是指天生无鳞和鱼鳞很小的鱼种，并不是单指一点鱼鳞都没有的鱼。]身上，由于无鳞鱼对许多消毒药具有很强的敏感性，比如江团、斑点叉尾鮰等，因此要使用比较温和的药物。
复合碘还可以用于治疗细菌性或病毒性疾病，在这方面复合碘有非常等的疗效，比如一些顽固性的烂鳃，只要坚持使用复合碘半个月就会得到很好的控制，但是在使用时需要注意碘的浓度要低于50ppm，否则对鱼类有毒，而且清洗过器具的消毒水[紫药水 即2%的甲紫溶液，甲紫又称龙胆紫。]应避免直接倒入养殖鱼塘。
