认证工厂依本规章相关规定接受产品检验时应缴费，并于收到执行机构缴费通知后一个月内缴清。逾期未缴者，经再限期催缴（每次催缴期间为一个月），且于十二个月内累计催缴纪录达三次者，得由执行机构报请推行取消该工厂之食品GMP认证资格及认证标志使用权。
认证工厂对其认证产品之制造、委托加工、包装标示、成分纯度或广告宣传等，如有恶意虚伪行为，或因工厂之行为对消费者造成严重伤害，经食品GMP技术确认属实者，除应自负一切法律责任外，并得由推行取消该工厂之食品GMP认证资格。
认证工厂经认证执行机构报请推行取消工厂或产品之认证资格及认证标志使用权后，若仍继续使用时，应由认证执行机构确认后报请推行透过大众传播媒体公布布厂商名称，并由推行函请相关主管机关依法办理。
食品GMP认证体系之相关人员，于处理厂商文件数据时应遵守下列原则：
一)厂商检送之文件资料内容，如有保密必要者，得不必检附或予以涂销，但于接受现场评核时，应准许评核人员在现场查阅。
二)食品GMP执行机构应依据「食品GMP认证体系数据保密处理要点」之规定，督导有关人员确实执行，以防止泄漏业者产业机密。
三)赴厂辅导或评核有关人员，未经厂商许可不得擅自影印或抄录厂商任何文件或数据。
制订和实施GMP的主要目的是为了保护消费者的利益，人们饮食安全；同时也是为了保护食品生产企业，使企业有法可依、有章可循；另外，实施GMP是和法律赋予食品行业的责任，并且也是中国加入WTO之后，实行食品质量制度的需要----因为食品生产企业若未通过GMP认证，就可能被拒之于国际贸易的技术壁垒之外。
GMP的推行不仅是食品生产企业对人民饮食安全高度负责精神的具体体现，是企业的重要象征，也是企业和产品竞争力的重要，是与国际标准接轨，使产品进入国际市场的先决条件。因此可以说，实施GMP标准是食品生产企业生存和发展的基础，通过GMP认证是产品通向世界的"准入证"。
