在冷链运输的各个环节，都要谨慎处理，才能大限度地避免货损发生。
货物通过冷藏集装箱运输，通常采用袋装、货柜或者托盘装载的形式，货物在箱内的积载非常重要。冷藏集装箱的设计不是为了降低货物温度，而是为了保持货物温度，因此在货物装进冷藏箱前，应正确包装、合理积载，并按照运输温控标准预先制冷。在托运和整个运输过程中，要冷藏集装箱正常供电，并检查箱内温度是否与要求的货物运输温度保持一致。运输途中，船员还应定期检查冷藏箱的供电状况，并查看集装箱温度控制是否符合运输的指令要求。
冷藏集装箱的正常运转与货箱的制冷能力、温度控制、通风状况这三个主要因素密切相关。若因未尽到对冷藏箱的照看义务，或者机器发生故障等，导致三个因素中任何一个不达标，都有可能引起货损索赔。
冷链运输要求在中、长途运输及短途配送等运输环节的低温状态。它主要涉及铁路冷藏车、冷藏汽车、冷藏船、冷藏集装箱等低温运输工具。在冷藏运输过程中，温度波动是引起货物品质下降的主要原因之一，所以运输工具应具有良好性能，在保持规定低温的同时，更要保持稳定的温度，远途运输尤其重要。冷链运输温度记录仪是能够自动记录温度数据的电子仪器。类似于飞机的黑匣子，全程自动跟踪记录冷藏车、集装箱、冷库内温度变化情况。将运输过程中的温度数据记录存储在记录仪中。当到运输蔬菜、水果、奶制品、冷冻食品、药品、敏感电子材料等达目的地的后，司机或工作人员将冷链运输温度记录仪取出与笔记本或台式机相连，通过的数据记录仪软件将数据导出，在电脑上分析路途运输过程中的每时刻温度数据及整个过程中大值、小值、平均值、曲线趋势、报警信息等。冷链物流主要的还是物品在运输过程中是否变质，要通过人工来观察是不现实的，所以就要用高科技来代替人工，更好更。
可以归结为以下四个方面：
一是冷藏产品的质量管理，产品的客观属性的同时，还要产品温度；
二是冷藏物流服务质量管理，如冷藏配送时效性的程度、冷藏追溯体系的满足程度等；
三是冷藏物流作业质量管理，指冷藏各环节、各岗位的具体工作质量以及上下游衔接质量；
四是冷藏物流工程质量管理，包括冷藏物流管理体制、冷藏物流基本设施工程、冷藏物流运营环境等。
