卤素单质很少直接用在人们的日常生活中，一般都作为工业原料来合成不同用途的含卤化合物。工业上应用的卤素化合物多为有机卤素化合物，而很多有机卤素化合物被列为对人类和环境有害的化学品，禁止或使用，是控制的污染物。 目前应用于产品中的卤素化合物主要为阻燃剂，如PBB，PBDE，TBBP-A，PCB，六溴十二烷，三溴，短链氯化石蜡；用于做冷冻剂、隔热材料的臭氧破坏物质，如CFCs、HCFCs、HFCs等，及灭火剂、清洁剂、农药、漂白剂、羊毛脱脂剂等。 卤素化合物在电子行业有着广泛的应用，如氯化石蜡可用做塑料材料的增塑剂，二氟二氯甲烷作为发泡剂用在ABS、PS、PVC及PU等各种塑料中。然而，卤素化合物作为阻燃剂的应用为普遍。常见的卤素阻燃剂有PBB、PBDE、TBBP-A及HBCDD等溴系阻燃剂和短链氯化石蜡及PCB等氯系阻燃剂。使用阻燃剂可起到阻燃效果，而且卤系阻燃剂对所阻燃基材的固有物理机械性能影响较少。但是使用卤系阻燃剂也有不利的一面：一旦发生火灾，卤化阻燃剂的不完全燃烧会产生大量的致癌物质；而且使用了卤系阻燃剂的材料在燃烧时会产生大量的烟雾和有毒的腐蚀性气体，从而妨碍救火和人员疏散，腐蚀仪器和设备。此外，含卤聚合物燃烧释放出的卤素气在与水蒸汽结合时，会生成腐蚀性有害气体（卤化氢），对一些设备及建筑物造成腐蚀。
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许多有毒有害物赠谅多质(Hazardous Chemicals)的影响都不能通过末端治理的方法消除，有毒有害物质一旦被释放到环境当中，就很难甚至不可能控制其危害。
如果有毒有害物质(Hazardous Chemicals)通过工业废水排放，即使是经过了普通污水处理厂的处理，有很大一部分的毒害影响都不能消除，它们或者通过废水被排放至江河中，或者蓄积在污水被处理后产生的淤泥中，从而形成更加危险的废物--很多持久性有毒有纹民害物质会在更大的范围、更长的时间内产生毒害影响，还可以在食物链里不断蓄积直到达到造成毒害的浓度--这对于处于食物链的人类来说实在不是一个好消息。
鉴于它们固有的特性，解决这种毒害的办法是极其复杂的，仅凭有限的评估，可以预见解"先污染、后治理"的办法将必然会花费的社会和经济成本。停止有毒有害物质的生产和使用，通过更安全的替代品或消减对这些物质的需求才是有效的解决办法。
