根据干细胞实验室的建设原则和工作流程，干细胞实验室的设计主要包括更衣区、样本接收区、细胞制备区、细胞培养区、质量检测区(PCR检测区、微生物检测区、功能检测区)、细胞库、档案室、信息中心等区域。
据SZDB/Z188-2016细胞制备中心建设与管理规范，更衣区分为一更和二更。
干细胞实验室更衣区的面积不低于30㎡，该区域应配备自动洗手设备、洁净风烘干设备、感应式消毒液给液设备。
样本接收区面积应不低于20㎡，应具有4℃医用冰箱、电子天平、恒温培养箱等。
干细胞实验室净化装修要求：实验室天花采用防尘，光滑，耐燃，钢板夹心的彩钢板，两边用槽型铝封边,彩钢板与彩钢板之间用中性瓷白玻璃胶密封;
实验室净化区地面铺贴PVC地板胶,防火等级为B1级，防酸、防碱、防腐蚀耐磨达到国家标准实验室要求等级.
实验室墙体为采用防尘，光滑，耐燃，钢板夹心的彩钢板墙体固定采用50X30槽型铝做地槽，地槽固定采用钢钉加木块固定。
干细胞实验室采用的层流净化系统, 能实验室恒温、恒湿、新风量和洁净度要求。该系统通过粗、中、3 种不同孔径的过滤膜, 对空气中不同粒径的尘埃粒子进行过滤, 让尘埃粒子不进入实验室, 从而使附着在尘埃粒子上的微生物, 包括细菌、霉菌等不能污染实验室; 采用从顶部送风、下侧回风的气流组织方式,既能洁净度, 又能节约能源; 高低洁净度级别的房间维持一定正压差, 防止洁净度低的空间污染洁净度高的空间;安装紫外光灯;工作时, 风淋室吹去附着在工作服及样品外包装上的部分尘埃, 传递窗传递干净的实验用品, 这些设计能达到无菌室的洁净要求。同时, 新风量按照40 m3/ 人. h 设计, 新风量能满足人员的需要, 解决传统无菌室不能置换新鲜洁净空气、工作环境差等问题。
