物料在水锅、油锅内经过加热、拌和进行混合反应后，由真空泵吸入乳化锅，经过乳化锅内上部的中心拌和、聚四氟乙烯刮板始终贴合锅形体，扫净挂壁粘料使被刮下的物料不断发生新界面，再经过反转叶片的剪断、压缩、折叠，使其拌和、混合而下流往锅体下方的均质器处，物料再经过高速旋转的切开轮与切开套之间所发生的强力的剪断、冲击、紊流等进程，物料在剪切缝中被切开，迅速破碎成200nm-2um的微粒，由于乳化锅内处于真空状态，物料在拌和进程中发生的气泡决裂并被及时抽走。
在一些规格大的大型乳化机设备，或是工艺上对温度或其他方面有要求的情况，常常会选用蒸汽加热方式对物料进行加热。这种加热方法通常要求客户有蒸汽源，如工业锅炉。如果没有蒸汽源，则需要额外的蒸汽发生器设备通过电加热提前产生蒸汽，以便重新使用。这种加热方法加热速度快，使用方便，冷却方便，还可以进行蒸汽灭菌的工艺处理。然而，由于这种加热方法对高剪切真空均质乳化机乳化锅体产生压力，往往需要通过具有压力容器许可证资格的企业将锅体用蒸汽加热到压力容器中，以确保生产安全。因此，这种加热方法成本相对昂贵。
操作人员运用乳化机，通过岗位培训和学习技术，达到“四、三”(懂结构、懂业绩、懂目的；完全使用、维护、故障排除)，并享有“三权”，即:停止他人使用自己操作的权利乳化机；乳化机未采取防范措施或未经主客部门审批而超载的，有权停止使用。如果发现乳化机工作不正常，则不在时限内检修。如果安全装置不符合要求，应立即报告。如不立即处理并采取相应措施，有权停止使用。
