食品饮料净化车间建筑平面设置应该属建筑的范畴，但由于食品/饮料无菌洁净车间要求人、物分流，并要保持各洁净操作间的静压梯度，因此，各净化操作间集中设置立前室为气闸，气闸室与各操作间同时相通，确保低洁净区的空气不向高洁净区渗透。
食品饮料净化车间工程-洁净车间成本随清洁要求而不同。几乎没有ISO 3级和4级(1和10级)装置。ISO 5级(100级)洁净室成本是ISO 6级(1,000级)洁净室的两倍。成本随清洁要求的降低(见表2)而大大减少。只有一小部分食品洁净室利用了ISO 5级(100级)空间。真正经常使用ISO 5级标准的是在诸如填装生产线那样的小区域。因此，iwuchen建议根据区域而进行的空间划分对更影响很大。
酿酒厂发现，为了保护其生啤酒，在填充操作中控制环境污染。采用食品饮料净化车间技术进行封闭式填装作业，天花板上安装HEPA过滤器，地板带孔已经成为发展趋势。传统系统中隧道式巴氏消毒法对产品进行各种高温处理，得到的产品在物理特性上发生变化。相比之下，对受控巴氏消毒法的无菌充装采用较低热处理，可在几方面改进产品的质量。
食品饮料净化车间窗户玻璃应使用不易碎材料。若使用普通玻璃，应采取必要的措施防止玻璃破碎后对原料、包装材料及食品造成污染。窗户如设置窗台，其结构应能避免灰尘积存且易于清洁。可开启的窗户应装有易于清洁的防虫害窗纱安装设计要求，有效防止杂物，蚊虫等污染。
食品厂车间净化需要严加的控制车间内的噪音。例如选择低噪声的生产设备和动力设备;设备老化或出故障后噪音增加，须对设备定期进行保养和维修，更换磨损、松动的零部件;速度过快或振动频率过高都会导致噪音，尽可能使用低速机器，采取可行的减振降噪措施，在设备的进气口或排气口加装进气或排气消声器。
不管任何结构的食品厂净化车间，首要问题就是车间的布局的设计。设计难点在于其布局既要便于各生产环节的相互衔接，又要便于加工过程的卫生控制，防止生产过程交叉污染的发生。食品饮料净化车间在结构设计上，适合具体食品加工的特殊要求。小编认为，应以钢混或砖砌结构为主，并根据不同产品的需要。
