因为水的换热效远远地超过气体的换率，水冷式冷水机组的能效等级风冷式冷水机组高。风冷凝器与同样换发热量的水冷式冷凝器对比，机器设备容积大，常用原材料多，制造成本较高。水冷式冷水机组即便再加上冷却系统的机器设备花费，其成本费仍旧比内冷式机组低15-20%上下。工业冷水机，此外，因为风冷式机组的机器设备为名输出功率比水冷机组的为名输出功率大，在电力工程扩容、电机控制机器设备等层面的花费也较高。
在制冷制热切换方面，风冷机组是冷媒环路通过四通阀切换流动方向。将冷凝器和蒸发器互换。夏季热量从室内传递到室外，冬季则从室外吸热到室内。而水冷机组不具备蒸发器和冷凝器互换能力，所以接冷却塔的机组没有制热的功能（需要外接锅炉）。热泵式机组要切换冷冻水和冷却水环路，在机房内要增加8个水路切换阀门。夏季冷水进屋，热水进外部盘管。冬季热水进屋，冷水进外部盘管。
冷水机组在标准工况下运行，其冷凝器回水温度为30℃，出温度为35℃。对于在运行的冷水机组，环境条件、负荷和制冷量都已成为定值。这时，冷凝热负荷无疑也为定值。标准规定进、出水温差为5℃，冷却水流量必然也为一定值。而且该流量与进出水温差成反比。所以，冷水机组在标准工况运行，只要规定冷却水的进出水温差就行了。这个流量通常用进、出冷凝器的冷却水压力降来控制。
空调冷却水对水质的要求幅度较宽，主要应从冷却水对设备腐蚀，积垢堵塞及设备清洗难易等情况考虑，其参考指标见下表针对以上分析，冷却水在冷却塔内蒸发散热的过程中水质不断发生变化，引起积垢、腐蚀和堵塞，目前，空调冷却补水多采用自来水，对于大型的空调冷却水系统，仅靠补充少量自来水是不起作用的，冷水机冷却水进行处理。
冷水机组电解法能抑制水垢的附着，但是除垢不，且具有电解孔蚀的危险;早期应用的磁力法稳定性比较差，长时间使用不能控制积垢，定期清扫积聚在控制器中的氧化铁;而静电法则克服了上述诸方法的缺点，并且，除了防垢和溶垢外，还有显著的杀菌灭藻的效能。但是静电法和电子水处理法冷水机缓蚀作用较的化学缓蚀略低，在一般空调冷却水系统内可不考虑采用其它缓蚀方法。而在一些对缓蚀要求较高的冷水机系统好同时适量添加一些缓蚀剂，可获得更好效果。
安装环境与位置会引起噪音问题,如果工业冷水机处于比较狭小的环境中，则噪音会被“放大”。狭小的环境会让工业冷水机的正常运行声音变大，听上去会超过正常运行的声音，建议不管是风冷机还是水冷机，一律安装在较为空阔的环境中，并且周边没有杂物异物，对环境声音有较高要求的话，可安装隔音墙，并保持通风散热。
