当冷却水流经金属表面时，有碳酸盐的生成。另外，溶解在冷却水中的氧还会造成金属腐蚀，形成铁锈。由于锈垢的产生，冷凝器换热效果下降。严重时不得不在壳体外喷淋冷却水，结垢严重时会堵塞管子，使换热效果失去作用。研究的数据显示水垢沉积物对热传输的损失影响，随着沉积物的增加会造成能源费用的加大。即使很薄的一层水垢就要增加设备中结垢部分40%以上的运行费用。保持冷却通道中不含矿物沉积物可以很好的提高功效、节约能源、延长设备的使用寿命，同时节约生产时间和费用。
凝器在制作时，管板与列管的焊接一般采用手工电弧焊，焊缝形状存在不同程度的缺陷，如凹陷、气孔、夹渣等，焊缝应力的分布也不均匀。使用时管板部分与工业冷却水接触，而工业冷却水中的杂质、盐类、气体、微生物都会构成对管板和焊缝的腐蚀。研究表明，工业水无论是淡水还是海水，都会有各种离子和溶解的氧气，其中氯离子和氧的浓度变化，对金属的腐蚀形状起重要作用。另外，金属结构的复杂程度也会影响腐蚀形态。因此，管板与列管焊缝的腐蚀以孔蚀和缝隙腐蚀为主。从外观看，管板表面会有许多腐蚀产物和积沉物，分布着大小不等泡。以海水为介质时，还会产生电偶腐蚀。双金属腐蚀也是管板腐蚀的一种常见现象。
针对冷凝器防腐问题，西方国家多采用高分子复合材料的方法进行保护，其中应用多的是技术产品。其具有的粘着性能及抗温、抗化学腐蚀性能，在封闭的环境里可以安全使用而不会收缩，特别是良好的隔离双金属腐蚀和耐冲刷性能，从根本上杜绝了修复部位的腐蚀渗漏，为冷凝器提供一个长久的保护涂层。
水冷式冷凝器用水作为冷却介质，带走制冷剂冷凝时放出的热量。冷却水可以一次性使用，也可以循环使用。用循环水时，配有冷却塔或冷水池，水不断得到冷却。根据其结构不同，主要有壳管式和套管式以及现在多用的板式换热器。
水冷式冷凝器使用的冷却水中都含有杂质和溶解在水里的无机盐类(如钙盐、镁盐等)，当冷却水和冷凝器表面相接触而换热时，水里的杂质和盐类物质就会分解，并附若在冷凝器的冷却水管表面，猫结成水垢。水垢的热阻较大，垢层加厚时冷凝器的换热效率明显下降。因此，视垢层厚薄定期对水冷式冷凝器进行除垢。
用扁铲和小锤沿管道外表面蔽击，将管外的水垢清除。这种方法适用于淋激式冷提器。若是需清除冷冻机是壳管式冷凝器管内水垢时，可用蛛旋形钥丝刷在管道内拉刷。人工除坛的方法简单，但除垢效果不好，效率低.而且劳动强度大。
