分子筛极易吸湿。保存时不应直接暴露在空气中，应放置于干燥处。存放时间较长的并已经吸潮的分子筛，在使用前应进行再生。分子筛回收忌油及液态的水。油能堵塞分子筛的孔穴。特别是再生时，有可能使油份碳化，造成孔穴的堵塞。对含有油份的气体，应先将油气，油水分离后，再进行分子筛塔。由于分子筛在吸附水分时的热量放出，液态水直接与分子筛接触会有大量的热放出。可能发生危险，或破坏分子筛的性能。
分子筛的过渡态限制的选择性是指有些反应，其反应物分子和产物分子都不受催化剂窗口孔径扩散的限制，只是由于需要内孔或笼腔有较大的空间，才能形成相应的过渡态，不然就受到限制使该反应无法进行；相反，有些反应只需要较小空间的过渡态就不受这种限制，这就构成了限制过渡态的择形催化，大优点是阻止结焦。因为较其他分子筛具有较小的内孔，不利于焦生成的前驱物聚合反应需要的大的过渡态形成。因而比别的分子筛和无定形催化剂具有更长的寿命。
分子筛催化剂可以分为以下几点：酸催化剂，利用分子筛的表面酸性进行催化反应； 双功能催化剂，分子筛可以负载铂、钯类的金属，得到兼有金属催化功能和酸催化功能的双功能分子筛催化剂； 择形催化剂，由于分子筛的催化作用一般发生在晶体内空间，分子筛的孔径大小和孔道结构对催化活性和选择性有很大的影响。分子筛具有规整而均匀的晶内孔道，而且孔径大小接近于分子尺寸，使分子筛的催化性能随反应物分子、产物分子或反应中间物的几何尺寸的变化而显著变化。
