认定程序如下：
（一）企业申请
企业对照本办法进行自我评价。认为符合认定条件的在“认定管理工作网”注册登记，向认定机构提出认定申请。申请时提交下列材料：
1. 认定申请书；
2. 企业依法成立的相关注册登记；
3. 知识产权相关材料、科研项目立项、科技成果转化、研究开发的组织管理等相关材料；
4. 企业高新技术产品（服务）的关键技术和技术指标、生产批文、认证认可和相关资质证书、产品质量检验报告等相关材料；
5. 企业职工和科技人员情况说明材料；
6. 经具有资质的中介机构出具的企业近三个会计年度研究开发费用和近一个会计年度高新技术产品（服务）收入专项审计或鉴证报告，并附研究开发活动说明材料；
7. 经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务会计报告（包括会计报表、会计报表附注和财务情况说明书）；
8. 近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表。
（二）评审
认定机构应在符合评审要求的中，随机抽取组成组。组对企业申报材料进行评审，提出评审意见。
（三）审查认定
认定机构结合组评审意见，对申请企业进行综合审查，提出认定意见并报小组办公室。认定企业由小组办公室在“认定管理工作网”公示10个工作日，无异议的，予以备案，并在“认定管理工作网”公告，由认定机构向企业颁发统一印制的“证书”；有异议的，由认定机构进行核实处理。
第十三条 企业获得后，应每年5月底前在“认定管理工作网”填报上一年度知识产权、科技人员、研发费用、经营收入等年度发展情况报表。
第十四条 对于涉密企业，按照国家有关保密工作规定，在确保涉密信息安全的前提下，按认定工作程序组织认定。
健全内部控制制度
确保研究开发费用核算归集的真实、准确。企业应按月对包括直接研究开发活动和可以计入的间接研究开发活动所发生的费用进行归集，并填写企业年度研究开发费用结构明细表。对研究开发部门的各项费用建立账册，进行单核算。具体来讲应建立如下控制制度 。
关于长期资产摊销
研发活动所需的长期资产的购置经过研究开发项目相关负责人批准。摊销的会计政策经过申报企业的董事会批准，会计部门执行经过批准的会计政策。长期资产摊销费用在不同研究开发项目之间按照机器工时或其他合理标准分配，各研究开发项目的机器工时或其他标准统计单据须经过研发部门相关负责人签署。
建立外包制度
所有研发活动的外包合同经过研究开发项目负责人签署。财务部门依据经过签署的研发活动外包合同和对方提供的有效付款凭证，以及表明经过研究开发项目负责人签署的外包研发活动进展情况的验收确认单据付款，会计人员核对合同和付款单据后记账。研发机构对委托的外部研发投入和境内的外部研发支出在费用单据上进行标注，并经相关负责人审批。财务部门对委托的外部研发投入和境内的外部研发支出分别设立账户核算。所有的外包支付申请说明外包所属的研究开发项目名称、项目编号。财务部门依据研究开发项目名称、项目编号将外包费用计入相应的研究开发项目。
正确核算高新技术产品（服务）收入
按照技术转让合同和其他合同分明细项目进行核算，尽量与所进行的研究开发项目对应，归属哪个项目的收入就列在该项目名下，并且与非高新技术产品 (服务 )区别开。
认定申请应提交的材料主要包括几个部分：
1.认定申请书；
2. 企业营业执照副本、税务登记证（复印件）；
3. 知识产权证书（占许可合同）、生产批文，新产品或新技术（查新）材料、产品质量检验报告、省级以上科技计划立项，以及其他相关材料；
4. 企业职工人数、学历结构以及研发人员占企业职工的比例说明；
5. 经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度研究开发费用情况表（实际年限不足三年的按实际经营年限），并附研究开发活动说明材料；
6. 经具有资质的中介机构鉴证的企业近三个会计年度的财务报表（含资产负债表、损益表、现金流量表，实际年限不足三年的按实际经营年限）以及技术性收入的情况表。
以上材料仅供参考，具体请以实际申请要求为准。
申请要点
1、6个软件著作权或6个实用新型或1个发明。
2、企业需要提供三年内的12份销售合同。
3、企业需要提供近三年内，每年的年度审计报告。近三年的研发费用专项审计报告，高新收入专项审计报告。
4、提供公司人员名单及对应的研发人员、科技人员、人员名单，并提供相应人员的明复印件、劳务合同（岗位及支撑，没有就调整）、明复印件。
5、由技术人员配合调整技术材料，完善立项报告、研发文档等。
