由于无机物离子的直径都很小（0.3～0.7nm），用普通的凝胶型树脂是完全可以除去；但当水中有有机物分子存在时，由于其分子很大（胶硅化合物的粒径可大于50nm，某些蛋白质分子为5～20nm），用普通凝胶树脂除去它们则有困难。而且再生时，这些被吸附的有机物也不易被再生下来，所以凝胶型树脂易于被有机物所污染。
大孔树脂骨架部分的性质与凝胶树脂基本相同，但大孔树脂具有且孔径较大的物理孔结构。这一特性使大孔树脂在耐污染、机械强度、抗氧化性等使用性能方面比凝胶树脂更具优势，但大孔树脂的交换容量一般会相对较低，且制造成本相对较高。
针对凝胶型离子交换树脂的缺点，人们研制了大孔型离子交换树脂。大孔型离子交换树脂外观不透明，表面粗糙，为非均相凝胶结构。即使在干燥状态，内部也存在不同尺寸的毛细孔，因此可在非水体系中起离子交换和吸附作用。值得注意的是，大孔型离子交换树脂具有很大的比表面积，因此其吸附功能十分显著，不容忽视。
凝胶型离子交换树脂特性
1.凝胶型离子交换树脂在线性流速为10m/h的条件下，压力降约为13kPa/m；
2.逆洗流速为6.5m/h，水温为15摄氏度条件下，树脂床体膨胀率为70%；
3.压降数据主要以干净水为进水次采水周期方有效。
铁可以作为亚铁或三价无机盐或作为隔离的有机络合物存在于水中。亚铁在树脂中交换，但三价铁不溶，不会。三价铁涂层阳离子树脂，防止交换。使用酸或强还原剂来除去这种铁。有机结合的铁通过阳离子单元并污染阴离子树脂。将其与有机材料一起除去。存在于某些井水中的锰以与铁相同的方式污染树脂。
如果再生温度太低，则在强碱阴离子树脂中可能发生二氧化硅结垢，或者如果来自用于再生弱碱单元的SBA单元的废水含有过多的二氧化硅，则在弱碱树脂中发生二氧化硅结垢。在低pH水平下，二氧化硅的聚合可以在弱碱树脂中发生。在耗尽的强碱阴离子树脂中也可能存在问题。通过在温（120°F）苛性钠中长时间浸泡除去二氧化硅污垢。
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