生物燃料的发展瓶颈尽管生物燃料已在世界各个领域得到应用，但目前还没有成为国际能源的主力军。主要原因是以下限制。原材料来源不稳定。由于多种原因，厨房废油和木本油料作物作为原料来源不稳定。
每年产生大量厨房废油，但由于来源分散，回收难度加大。据统计，原材料收集成本占生物燃料成本的70%-80%。然而，木本油料植物受季节影响，难以维持可持续供应。粮食原料存在着“人争粮”、“人争地”的问题。现有油料作物不符合生长周期短、含油量高的特点。
此外，可以制定政策，引导消费者积极参与生物燃料的使用。欧盟航空公司开发了碳排放交易系统，并为航空公司规定了碳排放配额。在该系统中，以2004年至2006年往返欧盟的航空公司的年平均碳排放量作为该航空公司的排放基线。
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