认定好处：
1、凡经认定的，企业所得税税率由原来的25%降为15%，相当于在原来基础上降低了40%(详见08年1月起实行的《企业所得税法》二十八条)，连续三年，三年期满之后可以申请复审，复审通过继续享受三年税收优惠。(如年纳税100万，申报通过当年，即可享受减免40万的优惠，三年就可减免120万税收，六年则减免240万);
2、经认定的可凭批准文件和《认定证书》办理享受国家、省、市有关优惠政策，更容易获得国家、省、市各级的科研经费支持和;称号将会是众多政策性如资金扶持等的一个基本门槛。
3、的认定，将有效地提高企业的科技研发管理水平，重视科技研发，提高企业核心竞争力，能为企业在市场竞争中提供有力的，地提升企业形象，无论是广告宣传还是产品招投标工程，都将有非常大的帮助。
4、不仅能减免企业所得税，无论对于何种企业都是一个难得的的认证，对依靠科技立身的企业更是不可或缺的硬招牌，其影响力仅次于中国产品、产品。
固定资产折旧与长期待摊费用3.1难点 固定资产折旧与长期待摊费用摊销，是指为开展研究开发活动购置的仪器和设备以及研究开发项目在用建筑物的折旧费用，包括研究开发设施改建、改装、装修和修理过程中发生的长期待摊费用。3.2应对措施 a.检查固定资产明细账、长期待摊费用明细账；检查申报企业年度新增固定资产及长期待摊费用的、固定资产的申购单、入库单、验收单；实地查看该部分设备，核对资产用途（检查使用说明书等），确定其是否真实存在，是否用于研究开发项目。 b.结合固定资产盘点，核对与研究开发活动相关的固定资产是否账实相符；检查购入时已计入研究开发费用的固定资产，是否单管理，是否存在重复计提折旧的情况。 c.复核各项折旧、摊销的准确性及相关性，关注前后各期折旧政策及方法的一致性d.对属于多个项目使用的，检查分摊方法是否合理，且前后各期是否保持一致，分摊的金额是否正确。
研发人员的统计1.1统计的难点a.部分申报企业特别是中小型企业的管理层，在对整个企业的生产、经营进行管理的同时，往往也参与研究开发工作，如何将其薪酬计入研究开发活动没有明确规定。b.有些研究开发项目的研究开发活动涉及多个部门，甚至多个企业，在这种情况下人员人工的归集和分配也比较困难。c.有不少申报企业为了达到增加研究开发费用总额的目的，将研究开发项目立项书中未列示的管理人员（包括）、生产人员的薪酬计入研究开发人员人工。 1.2应对措施a.检查应付工资、管理费用明细账，全年各月份工资表，全年个人所得税申报表，劳动合同、教育背景（必要时通过检查明，以确定研发人员是否具备相关背景）、工作经验和参加社会保险等资料，结合研究开发部门人员名单，确定研发人员的工用是否真实，计算是否准确。 b.对受雇的研发人员，需取得累计实际工作时间在183天以上的证据。 c.对企业存在多个研究开发项目的，按实际参与的项目进行归集。若研发人员同时参与两个或两个以上项目，应按统计的工作量进行分摊。如申报企业因不能准确地对工作量进行统计而常采用其他方法进行分摊，应检查其分摊的合理性。
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