液体生物燃料是以动植物为来源的燃料，产业化运作液体生态燃料主要包括生物柴油和燃料乙醇。生物柴油是以可永续生产供应的植物油脂（诸如黄豆油、菜籽油）或动物油脂为原料制取的脂肪酸甲酯，通称为生质柴油。它是经济有效的将太阳能经由植物的光合作用，而转换为动态能源，以供为柴油发动机交通车辆应用。同时它又是可再生和具有生物可分解性的植物油脂加工油品（相反地，石油系为而生物不可分解性的油品并拥有致癌性有毒成份）。
乙醇，有称为酒精，是以玉米、小麦、薯类、糖蜜或植物等为原料，经发酵、蒸馏而制成，将乙醇进一步脱水再经过不同形式的变性处理后成为变性燃料乙醇。燃料乙醇可加入汽油中作为品质改善剂（此即所谓的“乙醇汽油”）。因此，燃料乙醇不是一般的酒精，而是它的加工产品。车用的乙醇汽油是在汽油中加一定比例的变性燃料乙醇而形成的一种新型混合燃料。
生物液体燃料温室气体减排关键是如何评估副产品的替代效应近一些研究发现，为显著的分析结果差异源自副产品的分配与土地利用方式转变所导致的碳排放变化。
近些年生物燃料的快速发展加剧了市场对能源作物的需求，大量能源作物单一集约化生产消耗了大量农业用水，占用了大量农业用地，甚至将大量草场、森林快速转化为农田，这些均对水土资源产生了影响。
近年来，随着生物燃料的快速发展，市场对能源作物需求远远超过了对农产品的需求，能源作物的大规模种植造成土地利用方式的转变，农田、甚至林地、草场大规模用来种植能源作物，而这种土地利用方式的转变造成的潜在影响。
生物燃料发展对生物多样性的影响同样不容忽视。生物燃料生产可以对和农业生物多样性产生一些积极影响，如通过恢复退化的土地等；但是也可以产生很多不利影响，例如，生物燃料生产造成自然景观被转换为能源作物种植田或泥炭地被排干。
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