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荔枝根系因苗木繁殖方法不同而异。实生树及嫁接树有发达的主根；高压（圈枝）繁殖的荔枝侧根须根发达，没有主根。荔枝的根系由很多粗壮发达的侧根和纤细茂密的细根所组成，初生的幼根白色，肉质，质脆易断，俗称“豆芽根”。
老根呈灰褐色。荔枝根系与真菌共生，形成菌根，为总状分枝式。不同品种，树表皮的色泽和糙度有差异。水东黑叶、大造等品种的树干灰白色，表皮较光滑，黑叶、糯米糍、禾荔等品种，树干黑褐色，表皮较粗糙。
由结果母枝抽出的能开花结果的枝条称结果枝。荔枝的花芽是混合芽。当花穗发育过程遇高温时，抽出带叶花序的结果枝；当花穗发育过程遇低温时，抽出不带叶的纯花序，结果枝不明显，变成花序的主轴。
一个小花组一般由三个花蕾组成，品字形排列，二个小花组和中间一个单花蕾即七个花蕾构成一个花组。有些大穗型的花穗还由二个花组和中间一个单花蕾，即15个花蕾组成一个大花组。一般2～7个花组（或大花组）构成一个支穗。
3～10个支穗组成一个侧穗。6～20个侧穗和若干腋侧穗组成一个聚伞圆锥花序。荔枝花序上小花着生的疏密因品种而异。
荔枝花型有雌花、雄花、两性花和变态花四种。雌花、雄花数量多，生产上作用大，两性花数量较少，变态花授粉不良，故在生产上作用不大。
