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老根呈灰褐色。荔枝根系与真菌共生，形成菌根，为总状分枝式。不同品种，树表皮的色泽和糙度有差异。水东黑叶、大造等品种的树干灰白色，表皮较光滑，黑叶、糯米糍、禾荔等品种，树干黑褐色，表皮较粗糙。
土层瘠薄或地下水位高，树冠较小；土层深厚肥沃，树冠较大。驳枝繁殖的植株主干不明显，且多为3～4条主干，成多干型，树冠较开张，成半圆头形；实生植株，主干明显，成单干型，树冠多成圆头形。
由叶芽抽出带叶的枝条称营养枝。一般长度为20～30厘米，徒长枝长达60～100厘米。末次梢营养充足生长良好，次年能抽穗开花者，称为结果母枝。
荔枝枝梢的特性因品种而异。禾荔的枝条密而短；大造、水东疏而长；桂味硬而脆。荔枝新梢黄绿色，表皮着生许多灰白色的圆形或椭圆形的斑点；老熟的枝梢灰褐色；多年生枝条颜色较深。
一个小花组一般由三个花蕾组成，品字形排列，二个小花组和中间一个单花蕾即七个花蕾构成一个花组。有些大穗型的花穗还由二个花组和中间一个单花蕾，即15个花蕾组成一个大花组。一般2～7个花组（或大花组）构成一个支穗。
3～10个支穗组成一个侧穗。6～20个侧穗和若干腋侧穗组成一个聚伞圆锥花序。荔枝花序上小花着生的疏密因品种而异。
