在进出口冷藏货物装箱的时候不要预冷集装箱，这种情况高温地区及夏天高温季节装箱时更要着重注意，好的方法是预冷货物，然后将货物从冷库以及冷藏集装箱两者中隔热通道迅速装载进集装箱。
冷藏集装箱的货物检查，在装箱之前应对冷藏水果和蔬菜的温度以及冷冻货物的中心温度进行检测。还应检查水果和蔬菜是否存在比如发霉、枯萎、脱水、萎蔫、褪色、软点、破皮和脱皮、擦伤、冻伤和发臭等冷藏前的损坏。对于冷冻货物还应检查其是否有脱水、干燥、移位、发臭、黑斑和颜色改变，以及是否有因温度升高解冻后又重新冷冻的迹象。还应检查纸箱、托盘和其他包装物状况是否良好，是否能够在整个海运过程中保护货物状况。
冷藏集装箱除了货物的设定值和送风、回风温度外，温度控制系统还会以错误代码的形式提供有关系统问题的详细信息。货物温度可通过美国农业部（USDA）探测仪记录，安装该探测仪是为了符合美国农业部针对水果的运输的冷藏处理程序。托运人放置于所载货物中的数据记录仪也会记录大体温度。当冷藏装置失灵时，温度显示和数据记录将会展示一个逐渐稳定的温度上升直至终达到周围环境温度值过程。再次强调，感应器只会记录空气温度，而非货物温度。货物将会受到周围绝热材料一定的保护，防止受到外部空气温度的影响。
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