海参高蛋白，低脂肪，低糖且富含各种人体必需的氨基酸、维生素、必需脂肪酸以及常量和微量元素。在干品中黑乳参蛋白质含量高达91.20%，其它种类多在80%左右；梅花参脂肪含量高达3.7%，其它种类多在1%以下；刺参糖类含量高达13.2%，其它种类均在3%以下。蛋白质是生命活动的物质基础，也是构成人体的主要物质；脂肪和糖类则是人体主要的能源和热源。
海参皂苷为海参所特有的一类三萜皂苷，是海参的主要次生代谢产物，也是其进行防御的化学物质基础。现代药理活性研究表明海参皂苷具有、抗肿瘤、抗菌、等多种生物活性。
脑苷脂亦称为酰基鞘氨醇己糖苷，是一类广泛存在于菌类、植物类、动物类及海洋生物组织细胞膜中的内源性生物活性物质。1876年，Thudichum早指出大脑中存在一种叫脑苷脂类的化合物，后续研究表明，脑苷脂属鞘脂类（sphingolipids）的一种，由神经酰胺、糖基两部分组成。
牡蛎以其味道鲜美、营养丰富而深受消费者喜爱，但在人们食用时，大量的贝壳作为垃圾丢弃。实际上牡蛎壳中含有90%以上的碳酸钙是一种宝贵资源，可应用于诸多领域，如制作各种添加剂等。
密鳞牡蛎具有富含牛磺酸(50µmol/g)、锌、硒的特点；低脂肪、低胆固醇，含有一定量的高度不饱和脂肪酸(EPA+DHA占脂肪总量的20.4%)，无机盐、维生素含量也很丰富。吴成业等进行了太平洋牡蛎、僧帽牡蛎和近江牡蛎中游离氨基酸和牛磺酸的分析。三者中皆含有人体所有8种必需氨基酸,其中含量高的都是赖氨酸,这对平衡国民膳食中氨基酸比例具有重要意义。三种牡蛎中牛磺酸的含量分别高达7.542，4.388和3.591mg/g，几乎超过其他游离氨基酸含量的总和。同时，发现牡蛎中游离氨基酸的含量随着季节的不同而异。
牡蛎中检测出的关键挥发性物质（ROAV≥1）主要有醛类（11种）、醇类（2种）、酮类（2种）和二甲基硫物质，它们综合体现了新鲜牡蛎的特征气味如黄瓜味、蘑菇味、青草味、坚果味、脂肪味、油脂味等。
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