只要冷藏集装箱通电，集装箱内的空气可以冷却、加热或通风。陆上运输时，为了向冷藏集装箱的制冷装置持续供电，应使用带发电机的底盘卡车进行运输。通常，冷藏集装箱由码头堆场的陆上电源、集装箱船上的船舶电源和铁路上的发电机组供电。
在冷藏装置的操作期间，蒸发器盘管上会形成冰层，这取决于设定温度，货物温度，通风装置新鲜空气的数量以及货物的湿度等。制冷装置会定期进入除霜状态，由一系列的电加热装置产生热量或者向蒸发器盘管吹入热气。所有的风扇在此时会停止转动以防热气进入货舱。然而， 由于回风温度感应器位置接近制冷装置，此种温度升高可能会被记录下来。因此，除非经数据记录软件处理，否则温度记录将会呈现与除霜间隔时间一致的周期性温度升高。如果除霜期间短暂，每小时的温度读数和除霜期间可能会有一定出入。
随着冷藏集装箱生产的发展和应用的普及，冷藏集装箱的研究领域十分广阔，
1、对冷藏集装箱结构的研究，使箱体具有更高的强度、刚度、隔热性能和通风系统。
2、冷藏集装箱性能研究采用多方向、多控制参数的电子控制，采用微机及相应的电子元件对箱内空气的温度、湿度、空气质量等参数进行综合处理，实现跟踪，箱内空气参数的调节和控制。研究一种新的“新鲜空气交换系统”，以可靠地监测箱内的空气成分，有害气体，补充新鲜空气，调节空气湿度，实现更有效的食品保存。
3、冷藏集装箱制冷装置的研究：制冷装置在计算机的控制下工作，制冷压缩机根据微机发出的热负荷信号自动调节速度和制冷量，使冰箱保持在工作状态。
4.为了执行有关保护大气臭氧层的协议，有必要开展冷藏容器制冷剂更换的研究。
5、冷藏集装箱热性能测试系统软件设计有待进一步优化。
6、冷藏集装箱仿真研究。
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