对经济特区内除生产企业以外的其他企业申请进出口经营权，试行由外经贸部总量控制，经济特区自行审批的办法。
各经济特区外经贸主管部门按照外经贸部规定的必要条件和标准，自行审批在经济特区内从事进出口业务的外贸企业，并报外经贸部备案。外经贸部已核准五个经济特区1996年的总量为2013家。
只要是具有较强的技术及技术产品研究开发能力，并在科技成果商品化、产业化方面取得实绩，申请进出口权前两年，委托代理出口平均创汇额不低于30万美元的科研院所，经国家科委推荐，外经贸部即受理其进出口经营权的审核、批复工作。
科研院所申请进出口权须履行以下程序：各部门直属科研院所应向其主管部门提出书面申请，由主管部门送科技部和外经贸部；地方科研院所向所在省、自治区、直辖市及计划单列市经贸厅（委）和科委提出书面申请，由经贸厅（委）和科委负责审查，取得一致意见后联合报科技部和外经贸部。科技部对各部门、各地区报送的科研院所进行审查后，提出审查意见分批送外经贸部，外经贸部根据科技部的审查意见，进行审核批复。
部门直属企业及沿海地区物资企业、商业批发企业年销售额在10亿元人民币以上，内地物资企业、商业批发企业年销售额在3亿元人民币以上；
私营生产企业或科研院所向注册所在地外经贸主管部门提出书面申请，经省、自治区、直辖市及计划单列市外经贸主管部门审查后报对外贸易经济合作部（以下简称外经贸部）审批。
经批准取得自营进出口权的私营生产企业或科研院所，凭批准文件到海关、出入境检验、外汇、工商、税务等部门办理有关手续，向省、自治区、直辖市及计划单列市外经贸主管部门申领《进出口企业资格证书》后开展自营进出口业务。取得自营进出口权的私营生产企业或科研院所分立、合并、变更自营进出口商品目录，须报外经贸部批准
可以直接从事自营进出口业务。
在批准的进出口业务范围内，可以经营该企业或院所自产产品的出口业务，经营该企业或院所生产、科研所需的机械设备、零配件、原辅材料的进口业务。
在从事自营进出口贸易活动中，可以享受与公有制自营进出口生产企业或科研院所相同的待遇。
遵守国家有关对外贸易的方针政策和法律、法规。
接受外经贸主管部门和进出口商会的监督、管理和协调。
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