在制冷制热切换方面，风冷机组是冷媒环路通过四通阀切换流动方向。将冷凝器和蒸发器互换。夏季热量从室内传递到室外，冬季则从室外吸热到室内。而水冷机组不具备蒸发器和冷凝器互换能力，所以接冷却塔的机组没有制热的功能（需要外接锅炉）。热泵式机组要切换冷冻水和冷却水环路，在机房内要增加8个水路切换阀门。夏季冷水进屋，热水进外部盘管。冬季热水进屋，冷水进外部盘管。
日常使用工业冷水机的时候，工业冷水机散热全部依靠水源将热气带走，如果在高速运行的时候，突然没有任何水源的流动，那么大量的热量无法及时的进行挥发，导致温度上升的速度非常快。当温度达到高温临界点的时候，工业冷水机会通过停机的方式保护自己。因此断水故障只要出现，工业冷水机通常会在运行15分钟左右的时候停止运行，以达到保护工业冷水机核心部件的目的。
在冷水机组中，高压表所指示的压力称作冷凝压力，该压力所对应的温度称为冷凝温度。冷凝温度的高低，在蒸发温度不变的情况下，对于机组功率消耗有决定意义。冷凝温度升高功耗增大，此外，离心式制冷机组冷凝压力升高会引起主机喘振。反之，冷凝温度降低，功耗随之降低。因此，在冷水机组运行操作时，应注意冷却水温度、水量、水质等指标在合格范围。空气存在于冷凝器中时，冷凝温度与冷却水出口温差增大，而冷却水进、出口温差反为减少，这时冷凝器的传热效果不好，冷凝器外器有烫手感。除此之外，冷凝器管子水侧结垢和淤泥对热量传达的影响也起着相当的作用。
冷水机组在标准工况下运行，其冷凝器回水温度为30℃，出温度为35℃。对于在运行的冷水机组，环境条件、负荷和制冷量都已成为定值。这时，冷凝热负荷无疑也为定值。标准规定进、出水温差为5℃，冷却水流量必然也为一定值。而且该流量与进出水温差成反比。所以，冷水机组在标准工况运行，只要规定冷却水的进出水温差就行了。这个流量通常用进、出冷凝器的冷却水压力降来控制。
冷水机组循环冷却水处理，由于空调冷却水系统的结垢、腐蚀和藻类滋生不是在短期内形成的，也不会在短期内对系统有破坏性的影响，所以，往往得不到运行管理人员足够的重视。另外.由于空调冷却水系统比较简单，设计人员对其重视不够，并且，冷却水的处理是给排水和暖通均相关的，而冷却水系统多是由暖通人员搞，所以，难免造成先天设计不尽合理.在设计过程中针对空调冷水机冷却水系统易结垢腐蚀和菌藻滋生的特点，其处理方法也与冷冻水系统有所不同。
安装环境与位置会引起噪音问题,如果工业冷水机处于比较狭小的环境中，则噪音会被“放大”。狭小的环境会让工业冷水机的正常运行声音变大，听上去会超过正常运行的声音，建议不管是风冷机还是水冷机，一律安装在较为空阔的环境中，并且周边没有杂物异物，对环境声音有较高要求的话，可安装隔音墙，并保持通风散热。
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